一、运输合同纠纷怎么处理
1、协商
运输合同纠纷出现后，大多数情况下，合同当事人双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。
2、调解
但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商还是无法解决的，可以要求有关机构调解，如果一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。
3、仲裁
合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4、诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，则通过法院进行诉讼是解决纠纷最终的途径。运输合同纠纷可以按照我国的诉讼程序，由一方或双方向有管辖权的法院起诉，然后由法院根据适用法律和事实进行审理，最后作出判决。
二、运输合同纠纷管辖地怎么确定
在铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同发生的纠纷，不同于一般的合同纠纷，即包括一方不履行合同发生的纠纷，如无故拖延运输期限，又包括在运输过程或者到达目的地时，托运的物品被损坏、丢失，或者对运输工具、设备造成损害，以及旅客人身遭受损害所发生的赔偿纠纷。因此，与《民事诉讼法》第24条和25条规定的合同纠纷。这类合同纠纷，可能发生在运输合同始发地、中转地、也可能发生在运输到达地。当事人因为上述运输合同发生纠纷，经过双方协商，可以自行解决，也可以向仲裁机构申请仲裁。如果提起诉讼，根据我国《民事诉讼法》第28条规定，”因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。”
运输始发地、是指货物运输的发运地或者旅客乘运地。目的地，是指货物或者旅客到达地。上述3个地方各人民法院对这类运输合同纠纷都有管辖权，当事人到任何一个法院起诉都可以。有管辖权的人民法院不得无故推托，应当依法受理。对两上以上有管辖权的人民法院，当事人只能选择其中一个法院起诉，由最先受理的人法院审理。
陈进律师解析：
三、运输合同纠纷处理原则
1、归责原则：
承运人承担货物损害赔偿责任不以主观上是否存在过错为要件，而仅以货物在运输过程中发生毁损、灭失为要件，采取严格责任原则。承运人证造成的，不承担损明货物的毁损、灭失是因不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错害赔偿责任。
2、举证责任：
托运人对其与承运人存在运输合同关系，以及货物在运输过程中发生毁损、灭失承担举证责任；承运人对《合同法》规定的免责事由承担举证责任。
3、赔偿额的确定：
（1）约定标准：
即当事人在运输合同中已明确约定了赔偿数额或计算方法的，应按照当事人的约定确定赔偿数额；
（2）法律规定的补充标准：
允许当事人通过协商签订补充协议；不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确认；三是依照上述方式仍不能确定货物毁损、灭失的赔偿额的，按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算；
（3）法律、行政法规规定的特殊确定标准：
由于当事人对运输过程中货物毁损、灭失风险承担上存在差异，故法律、行政法规如《铁路法》、《民用航空法》针对具体运输方式的赔偿限额和计算方法有特别规定的，从特别规定。但由于承运人的故意或者重大过失造成的，不适用赔偿限额的规定。
