根据国家计委、财政部关于第二批降低收费标准的通知和国务院有关千方百计扩大出口的批示精神，为减轻企业负担，改善投资环境，国家决定自1999年11月1日起，降低有关现有收费项目的收费标准.降低收费的项目有：
进口商品退税（关）手续费、车辆超时占用验场费、贷物行李物品保管费、知识产权保护备案费4项收费在现行收费标准基础上下调20%.
其中：1.进口商品退税（关）手续费由50元/次降为40元/次；2.车辆超时占用验场费由20元/车.次（2-5小时，含5小时）、50元/车.次（5小时以上）分别降为16元/车次（2-5小时，含5小时）、40元/车.次（2-5小时含5小时）;3.货物行李物品保管费由1-10元/日.件降为0.8元-8元/日.件，贵重物品如文物、精密仪器、金银制品及其他价格极高（人民币5000元以上）或需特殊保护物品扣留第一个月内由每日每件按其价值（以海关估算为准）的0.2%收取保管手续费降为每日每件按其价值的0.16%收取，一月以上至三个月以内由每日按估价的0.4%收取保管手续费降为每日按估价的0.32%收取；4.知识产权保护备案费由每件1000元降为每件800元.
监管区域外监管手续费、报关单位注册登记、出口监管仓库监管手续费、验车费4项收费在现行收费标准基础上下调50%.
其中：1.监管区域处监管手续费由每一关员每一工作日人民币50元降为每一工作日人民币25元；2.报关单位注册登记手续费由30元降为15元；3.出口监管仓库贷物监管手续费由贷物离岸价的0.5%向发贷人或其代理人收取降为按贷物离岸价的千分之二点五向发贷人或其代理人收取；4.验车费由30至60元/车.次降为15至30元/车.次.
口岸管理费（国务院及财政部、国家计委批准的满洲里、绥芬河、二连、凭祥、东兴、畹町、瑞丽、河口和深圳九个路口），在现行收费标准基础上全面下调30%.
其中：深圳陆路口岸建设管理费由40英尺集装箱车辆每辆次11元（往返22元），其他车辆每辆次5.5元（往返11元）降为40英尺集装箱车辆每辆次8元（往返16元），其他车辆每辆次4元（往返8元）；其他八个陆路口岸过贷管理费或口岸过贷管理费由向贷主收取0.6元/吨降为0.42元/吨.
涉及国家出入境检验检疫局的具体为原进出口商品检验、进出境检验检疫费和国境卫生检疫等检验、检疫费合并为出入境检验检疫费，总体收费水平下调1/3.具体检验检疫项目的降低幅度，依据成本变化民政部可以有所不同，具体收费标准，由国家计委会同财政部重新核定后，另文下达.在核减后的具体收费标准文件下发之前，所有进出口商品检验、进出境动植物和国境卫生检疫的检验、检疫收费一律按现行《国家计委、财政部关于发布进出口商品检验鉴定收费办法及收费标准的通知》（计价格[1994]794号）、《国家计委、财政部关于发布进出境动植物检疫收费管理办法及收费通知》（计价格[1994]795号）和《国家计委、财政部关于发布国境卫生检疫收费管理办法及收费标准的通知》（计价格[1994]796号）规定收费标准的2/3比例收费.
