2005年10月人大最新修订的《公司法》第二章第四节对国有独资公司作出明确规定：国有独资公司是指国家单独出资、由国务院或者地方人民政府授权本级人民政府国有资产监督管理机构履行出资人职责的有限责任公司。国有独资公司是一种特殊的有限责任公司，其特殊表现为该有限责任公司的股东只有一个——国家。
全民所有制企业是指企业财产属于全民所有的，依法自主经营、自负盈亏、独立核算的商品生产和经营单位。国家依照所有权和经营权分离的原则授予企业经营管理。企业对国家授予其经营管理的财产享有占有、使用和依法处分的权利。
1.法律依据不同：由遵循《企业法》变为遵循《公司法》。
全民所有制企业是按照《全民所有制企业法》（1988年8月1日开始施行）注册，依照企业法注册的企业运行过程中容易出现所有权、决策权和经营权不明晰的情况；而国有独资公司是按照《公司法》注册，公司所有权、决策权和经营权分离，权责明晰。
2.管理体系不同:由注重行政隶属关系变为注重以资产为纽带的产权关系全民所有制企业由政府出资，隶属于政府，实行政府任命或职工选举并经政府审核同意的厂长（经理）负责制，注重隶属关系；国有独资公司是以十六届三中全会制定的“归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅”的现代产权制度为指引，建立明确的以资产为纽带的现代国有产权管理体系。
3.治理结构不同：由“老三会”变更为有机结合“老三会”的“新三会”
全民所有制企业治理结构中的“老三会”是指党委会、工会、职代会，现代治理结构的“新三会”是指股东会、董事会、监事会。新三会”是公司制企业治理机构的主体框架，在创立现代企业制度过程中必须坚持的；“老三会”是传统企业制度中的精髓，是我国政治制度在国民经济基层单位的具体体现，在公司制企业治理过程中也不可废弃，应有机结合。
4.管理者角色不同:由负责人变为执行者
全民所有制的厂长（经理）是上级任命的，是企业法定代表人，在企业生产经营中处于中心地位。国有独资公司总经理是由董事会聘任，对董事会负责，根据董事会的决策，对企业的日常经营管理工作负全面的责任，董事会与总经理之间是一种聘用关系（委托代理关系）。
所谓“全民所有制“是指在社会主义革命和建设的实践中创立的经济范畴，是社会主义公有制在特定历史条件下形成的一种具体理性模式。
全民所有制企业又称为国有企业，但广义的国有企业还包括国家控股的股份有限公司、有限责任公司和国有独资公司，全民所有制企业只是国有企业的一种。所以说全民所有制是国有企业的一种细化，从以前广义的国有企业明确到了具体哪一种国有企业而已，总的来说公司还是属于国有企业的。
全民所有制企业是根据《中华人民共和国全民所有制工业法》设立的企业，不存在股东，只有主管机构。而依据《中华人民共和国公司法》，就应该存在股东，以及相应的董事、董事会等等。
改制的目的：推动国有企业政企分开、完善公司法人治理结构，提高企业经营管理水平。其中一个变化就是：改制后，政府能够直接任命人员的范围减少，对公司制企业来说，股东（或出资人）委派董事，董事会选择聘任经理层。而对于全民所有制企业来说，其管理层基本都是政府任命。
