从1999年1月1日起，外商投资企业凡是出口符合出口退（免）税政策的货物，在货物报关出口时必须向海关申请办理出口退税专用报关单。对1999年1月1日起报关出口的货物未取得出口退税专用报关单的，国税机关将对其按章征税并不予办理退税或“免、抵、退”税。
但是，如果1994年1月1日以后批准设立的外商投资企业在1997年1月1日至1998年12月31日报关出口的货物未取得出口退税专用报关单的，经省国家税务局请示国家税务总局同意，可凭出口货物普通报关单原件等凭证办理“先征后退”税。对没有报关单原件的外商投资企业，可向原出口地海关出具主管其出口退税的地（市）国税局签发的“关于申请出具（补办报关单）证明的报告，”办理补签出口退税专用报关单手续。否则，税务机关将对出口货物按章征税并不予办理退税。
