03程序分别对L-Se―Hism和D-Se―Hism的结构进行分子力学优化，得到*低能量565和-676.8955au因此，L-Se-Hism型比D-Se-Hism型稳定。再在MOPAC软件中用MNDO方法对此超分子进行半经验算法优化，*后，在RHF/6~31G水平上进行了单点计算。得到L厶型丝氨酸组酰胺与DNA分子间的相互作用。
2结果与讨论通过L-Se-Him和D-Se-Him与S*pTpTpCp超分子体系的模拟计算得到相互作用图（）。
21超分子体系的稳定性1说明该反应是吸热反应，生成热的值越大该体系越不稳定。因此D型超分子不稳定，不易生成。而L-Se- 22超分子体系的电荷比较电荷比相应位置上的原子P47分别增多了30.8%和23.1%，说明磷原子被明显活化，极易受到亲核基团（一HO的进攻而断裂。从电荷增多的程度可有更强的切割活性。
/D-Se―Hiam与S*pTpTpCp'之间的相互作用不仅是简单的小分子在生物大分子上的定位，而且对磷原子具有明显的活化作用。由表1电荷布居情况可见，当D-Se*Hiam和磷酸基上的氧形成氢键后，由于氧原子的电负性，磷酸各原子的静电荷重新分布，P66P81的正电荷比没有形成氢键的磷酸相应位置上的原子P47正电荷分别增多了20.4%和14.6%；而L-Se-Hiam形成氢键后，P原子上的正23超分子的键长比较计算结果表明，L/D-SerHiam的氢键作用对磷酸基上的P―O键影响不同，没有受到氢键作用的P47*O46的键长为0. 159331 rm，而其它的P*O键的键长为0. 1440. 148 rm.但是P66―O65键长为0.178236啊在P66上连接的另一个O67却与丝氨酸组酰胺上的H21相连，键长为0.原本与该氢相连的O6与其的距离为0.136nm，比原来的键长明显增加。有人通过分子对接得到的相应距离分别是0.096172nm（O6*H21），0.167313nrn（O67*H21）m.可见原本在羟基上的氢原子在氢键的帮助下转移到O67上，使O6带更多的负电荷，有利于亲核进攻磷形成五配位结构。
24分子间的有效识别分别标出了L（D）-Se-Hiam与S-pTpTpCp'分子识别中有关的氧原子、氮原子以及形成氢键的非氢原子之间的距离。L-Se-Hiam亲核基团（一HO与S'-pTpTpCp磷酸基磷原子之间的距离是0.30rm，D-Se-Hiam亲核基团（一HO与S-pTpTpCp磷酸基磷原子之间的距离是0. 32啊有利于亲核进攻，而且此酰胺同时与S-pTpTpCp中的两个相邻磷酸基团相互作用，充分证实了实验结果。
25氢键网络通过半经验算法优化和HF从头算优化后，L厶-Se-Hiam与S'-pTpTpCp'的超分子体系形成了较强的氢键网络，分别见及表2可见L/D-Se-Hiam中丝氨酸上亲核进攻的羟基（一OH）与5-pTpT-pCi-3'磷酸基上的氧形成的氢键、侧链氨基（一NH3）与磷酸基上另一个氧原子形成的氢键在切割机制中起关键性作用。
