北京市国土局、住建委认为，应依法依规进行拆除的六类情形小产权房分别是：1、经检测鉴定，房屋质量达不到国家或北京市有关标准，存在严重质量问题或安全隐患，又不能采取可行措施予以整改消除的;2、土地利用现状为耕地，总体规划为一般农用地、基本农田的;3、占用土地为一级水源保护区的;4、占用公共道路、绿地、河道、高压供电走廊、压占地下管线的;5、严重影响土地利用总体规划、城镇规划的;6、破坏或影响文物保护和风景名胜区的。此外，“其他依法应当拆除的情形”也应拆除。
据北京装修网了解，北京是全国清理整治小产权房的试点城市。2012年6月起，北京开展了“小产权房”的清理整治专项行动。截至目前，共清理认定并公开曝光了85个“小产权房”项目，以及23个以汽车营地、生态农庄、私家菜园等名义违法建设、租售的变相“小产权房”项目。
北京市建议，对“已建未售”的小产权房小区或房屋，如符合土地利用总体规划和城镇规划的，应“既处理人，又处理事”，其中进行没收处罚的，由政府组织具体落实程序，不得“明没收，暗返还”;同时，对房屋进行质量与安全检测，对质量合格并符合有关政策条件的，可补办用地等审批手续，或纳入公共租赁住房等政策性房源范围。北京市还建议，对“已建已售”小区或房屋进行处理，需先行研究政策及具体操作办法。相关部门负责人特别指出，这只是北京市向两部的建议，具体对已建、已售小产权房如何处理，还要等正式文件。
对于该建议，市国土局相关负责人强调，向两部报送的“小产权房”分类处理意见仅是初步研究建议，北京市具体处理措施有待全国政策成熟、颁布明确办法后具体制定，报经批准后执行。
2012年6月至今，按照国土资源部、住建部和市委、市政府部署，北京市深入开展了清理整治“小产权房”工作。按照今年2月14日市政府召开的首都生态文明和城乡环境建设动员大会要求，今年全市将进一步加大“小产权房”清理整治工作力度：一是严控新增“小产权房”，坚决对在建、在售的新增“小产权房”实行“零容忍”。二是要严打交易过户，切实斩断“小产权房”建设和销售的利益链条，决不能让违法者得到好处。三是要妥善处理历史遗留，在吃透国家相关规定政策的前提下，依法依规研究解决办法。
